Entre 1059 y 1061 Raymond el joven emprendió la restauración de la sede, obteniendo de Fortún Sancho y de su hermano Loup Sancho, vizcondes de Lapurdi, la restitución de la iglesia, de sus dependencias y de parte de la villa. La riqueza de la sede baionesa fue aumentando con posteriores donaciones. Fue con el obispo Raymond de Martres (1120-1127) cuando se inició la época más floreciente de Baiona: en 1122 el duque Guillermo de Aquitania, de regreso de la victoria de Daroca, confirmó las donaciones y, entre otras, los derechos del obispado sobre las pesquerías fluviales y marítimas. Probablemente, en esta época Baiona obtendría una carta de franqueza, de la que sólo poseemos su confirmación en 1170 por Ricardo Corazón de León, a la sazón duque de Aquitania, concediendo, entre otras, la franqueza de todos los derechos a las pesquerías y caza de ballenas, fijándolos sobre los derechos que percibía el soberano sobre los navíos. Esta extensión de los intereses pesquero-comerciales baioneses por el litoral vasco, se vislumbra más nítidamente a fines del siglo XII, a través de textos como el fuero de fun-dación de San Sebastián o la concesión de algunos derechos sobre las ballenas capturadas en Biarritz a Vital de Biele, burgués de Baiona, por Juan «Sin Tierra» de Inglaterra, en 1199